При конвертировании видео в формат .flv для получения наилучшего качества нужно использовать ключ -qscale, попытка увеличить качество через увеличение скорости потока в данном случае не имеет результата, поток так и остаётся прежним (версия 2.6.1). При частоте аудиопотока 48000 Гц ffmpeg просит выбрать из поддерживаемых частот (44100, 22050 или 11025 Гц), делается это с помощью ключа -ar. И довольно полезный ключ -y даёт команду для ffmpeg записывать поверх файлы.
ffmpeg -i video.vob -ar 44100 -qscale 4 -y video.flv
Пример строки для chroma key:
ffmpeg -f lavfi -i color=c=black:s=1280×720 -i video.mp4 -shortest -filter_complex «[1:v]chromakey=0x70de77:0.1:0.2[ckout];[0:v][ckout]overlay[out]» -map «[out]» output.mkv