В первую очередь необходимо остановить саму службу MySql. После этого можнозаменять файлы базы, которые обычно во многих дистрибутивах находятся в: /var/lib/mysql

После копирования необходимо восстановить атрибуты файлов командой: sudo chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql

Теперь можно возобновить работу службы mysql